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顯微圖像快速分析(MIRA)軟件介紹
  • 發(fā)布時間 : 2020-10-12 14:08:14
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1.簡介
MIRA軟件是Oldenburg大學Gunther Wittstock[1-5]教授研究的一款分析軟件。該軟件提供各種圖形表現(xiàn)形式,尤其用于面掃描數(shù)據(jù)。最有意思的特征是擬合掃描電化學顯微鏡(SECM)逼近曲線,得到實驗相關的不同的物理化學參數(shù)。本文介紹了MIRA軟件的一些特性,特別關注SECM逼近曲線擬合工具。
2.繪制M370或M470獲得的數(shù)據(jù)

M370或M470掃描工作站獲得的數(shù)據(jù)與MIRA兼容。

2.1 3D文件

圖1 M470軟件打開的M370或M470數(shù)據(jù)文件以txt形式輸出數(shù)據(jù)
首先,M370或M470掃描工作站軟件獲得的數(shù)據(jù)必須是以txt格式輸出。在M370或者M470軟件中通過右鍵實現(xiàn),如圖1所示。
所有技術的面掃描數(shù)據(jù)都與MIRA兼容,包括ic-SECM和ac-SECM獲得的不同數(shù)據(jù)、dc-SECM和ac-SECM獲得的逼近曲線、以及循環(huán)伏安曲線。
打開MIRA軟件,彈出如圖2的窗口,.ini文件可用。.ini文件定義了默認打開文件夾、默認輸出文件夾以及默認表現(xiàn)形式。默認路徑可以更改,如圖3所示。這些更改可以保存在新的.ini文件中,如圖3b所示。
.ini文件位置:MIRA\startup。

圖2 顯示可用.ini文件的配置窗口

圖3 a)更改默認路徑;b)保存新的.ini文件
MIRA軟件包含Wittstock教授發(fā)明的工具,默認工具由IDL提供(Interactive Data Language v.8.1 by Research Systems Inc., Boulder Colorado)。這些圖像工具通常以i開頭的名字命名。
打開一個文件會出現(xiàn)如圖4所示的窗口。在一個小窗口中顯示了打開數(shù)據(jù)的默認形式以及所有可用表現(xiàn)形式。點擊“Redraw”按鈕會打開一個新的窗口顯示數(shù)據(jù)。

圖4 主窗口
繪制的數(shù)據(jù)也可以用圖3a中的“Print”命令保存為圖像文件。輸出的參數(shù)也可以用圖3a中的“Selection of graphic format”命令來更改。文件將輸出到默認文件夾??梢员4鏋椴煌幕拘问剑?jpeg, .tiff, .bmp)和矢量形式(.ps, .eps)。圖5為數(shù)據(jù)繪制圖的例子。用于繪制數(shù)據(jù)的調色板可以用Tools→XLoadct命令更改。

圖5 不同的3D數(shù)據(jù)形式:a)用戶定義的3D陰影+線條;b)等值線圖;
c)2D插值+輪廓;d)3D線條
2.2 2D文件
MIRA軟件也可以顯示2D文件,比如線掃描、循環(huán)伏安曲線以及逼近曲線(圖6)。


圖6 不同的2D數(shù)據(jù)形式:a)SECM向前、向后線掃描;b)循環(huán)伏安曲線;
c)導電區(qū)域的逼近曲線;d)絕緣區(qū)域的逼近曲線
1.使用擬合工具
MIRA最有意思的工具是可以擬合dc-SECM逼近曲線,獲得實驗參數(shù)和反應動力學。
可以用數(shù)據(jù)顯示窗口左邊的Analysis按鈕進入曲線擬合工具(圖7)。


圖7 SECM逼近曲線擬合窗口
下一個窗口中,用來擬合數(shù)據(jù)的解析式、擬合參數(shù)和描述頁都有很多選擇(圖8)。


圖8 擬合逼近曲線的可選方程式
根據(jù)用戶的特殊條件(逼近材料、電流抵消、研究員的認識等)選擇方程式后,最好點擊擬合命令窗口中的“Guess start parameters”然后點擊“Start iteration”開始實驗(圖9)。“Guess start parameters”用一個算法分析曲線,試圖找到接近最終值的開始值。

圖9 擬合命令窗口
本文中嘗試擬合演示文件夾中的逼近曲線:
MIRA\demo\DEVICES\ Biologic_Uniscan\approach_curve_SECM.txt
逼近曲線是用25 ?m的Pt探針在10 mM Fe(CN)6K3和100 mM KCl溶液中測量Au電極的結果(SECM標準樣品)。探針極化電位-0.25 V vs. Ag/AgCl。探針位置從0開始逼近樣品,所以z為負值。用名為“SECM conductor w/o i_offset (Lefrou)”的表達式[6]。
點擊“Guess Start Parameters”然后點擊“Start iteration”,30次迭代后得到圖10的結果。


圖10 “SECM conductor w/o i_offset (Lefrou)”獲得的結果。紅色曲線是用Start參數(shù)獲得的,綠色曲線是擬合后獲得的。
獲得以下四個參數(shù):
i-T,infinity表示探針無限遠離樣品時的電流;
z-offset是逼近開始時探針到樣品距離的負數(shù)值;
tip radius探針直徑;
RG是金屬電極周圍的玻璃外殼和金屬直徑的比值。初始值和擬合值都顯示他們的誤差、殘差、這些殘差總和的平方,也叫做χ2(方差為1,只有一個實驗)。函數(shù)χ2用于最小化過程,基于Gauss-Newton算法[7]。這個值越低,擬合結果越好(對同樣的點數(shù))。在圖10的例子中,χ2≈0.839。殘差在掃描的第一個點達到最大值(接近z=0的點)。軟件通過左上角窗口,允許壞點移除,如圖11所示。

圖11 數(shù)據(jù)移除窗口
在“Low”格中輸入2,將移除變量z的較低值中最開始的兩個點。然后點擊圖9中的“Replot data”按鈕。新數(shù)據(jù)的擬合結果如圖12所示。

圖12 “SECM conductor w/o i_offset (Lefrou)”獲得的新數(shù)據(jù)的擬合結果
現(xiàn)在,χ2≈0.384,達到預期。雖然點數(shù)減少了,但是擬合結果更好了。tip radius的值降低,更接近實驗值,12.5 ?m。Rg值從1.13升高到3.11,這是一個更合理的值。
溫馨提示:
1)在上面的逼近曲線中,步長是15 ?m,掃描速率是5 ?m/s。建議逼近曲線的步長小于1 ?m,掃描速率小于1 ?m/s。在這些條件下,實驗值不會與理論值偏離太多,擬合結果的準確性提高(χ2下降)。
2)單獨設定的所用參數(shù)對擬合是有利的。比如探針直徑的值可以用VCAM3精確的確定,輸入圖10的“Start parameter”中。然后,如果“meaning”未檢測,參數(shù)將不會計入擬合過程中。
1.結論
本文的目的是介紹MIRA軟件處理3D圖和2D曲線的一些不同的表現(xiàn)方式。重點是逼近曲線的擬合工具。想獲得更多細節(jié)信息,請參考MIRA手冊或者聯(lián)系我們。

參考文獻
[1] G. Wittstock et al., Fresenius J. Anal. Chem. 2000, 367, pp. 346–351.
[2] U. M. Tefashe et al., J. Phys. Chem. C., 2012, 116, pp. 4316-4323.
[3] C. Nunes-Kirchner et al., Anal. Chem., 2010, 82, pp. 2626-2635. 
[4] W. Nogala et al., Bioelectrochem., 2008, 72, pp. 174-182.
[5] G. Wittstock et al., Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, pp. 1584 –1617.
[6] C. Lefrou, J. Electroanal. Chem., 2006, 592, pp. 103–112.
[7] Ebert,Ederer, Computeranwendungen inder Chemie. 2. Ed., VCH, Weinheim 1985, S.323.

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